Il bilancio di missione, presentato unitamente al bilancio d'esercizio, rende conto del perseguimento degli obiettivi di salute assegnati alle Aziende sanitarie dalla Regione e dalle Conferenze territoriali sociali e sanitarie. Dal 2011 il bilancio è redatto in comune dalle due Azienda Sanitarie e quindi è ospitato sul sito dell'Azienda USL di Modena